Fue fundado en 1884.
En 1985 pasó a integrar la Universidad Nacional de La Plata.
El proyecto de los edificios pertenece a Pedro Benoit. En París fueron adquiridos los instrumentos necesarios.
En los años posteriores a su inauguración, el Observatorio continuó con el acondicionamiento de instalaciones e incorporación de material de estudio, llegando a ocupar así uno de los lugares de importancia en el país y en Sudamérica.